Organización
El 28 de febrero de 1968, cuatro eminentes intelectuales de Puerto Rico, Pablo Casals, Luis Muñoz Marín, Roberto Busó Carrasquillo y Jaime Benítez, incorporaron el Centro. En aquel momento, la idea fue crear un organismo cultural que facilitara la visita al país de intelectuales prominentes que se reunieran en nuestra isla para discutir los problemas socio-económicos y culturales que aquejaban a la humanidad y, por ende, a Puerto Rico.
La idea se concretó y activó en 1976, cuando el Dr. Ricardo E. Alegría solicitó al Consejo de Educación Superior que enmendase la constitución del Centro para convertirlo en una institución académica que contribuyese a la formación de especialistas en Estudios Puertorriqueños y del Caribe. Se modificó el nombre de la institución para designarlo como Centro de Estudios Avanzados de Puerto Rico y el Caribe. Así inició sus funciones.
La primera Junta de Síndicos estuvo integrada por intelectuales distinguidos y estudiosos de la cultura de Puerto Rico, designados por el entonces Consejo de Educación Superior. La Junta de Síndicos original estuvo compuesta por el novelista Enrique A. Laguerre, la escritora Dra. Concha Meléndez, el pintor Rafael Ríos Rey, el historiador Dr. Arturo Morales Carrión, el músico y folklorista Dr. Francisco López Cruz, el servidor público general Fernando Chardón, el historiador Dr. Aurelio Tió y el científico e historiador Dr. Luis Torres Oliver.
La nueva institución educativa recibió de la Asamblea Legislativa de Puerto Rico, por virtud de la Ley 52 del 21 de enero de 1971, la encomienda de hacerse cargo del Centro de Estudios Puertorriqueños que inicialmente había organizado el Dr. Ricardo E. Alegría en el Instituto de Cultura Puertorriqueña, con la colaboración de la Universidad del Estado de Nueva York, recinto de Buffalo.
Para lograr sus objetivos, el Centro estructuró un programa académico conducente a la obtención del grado de Maestría en Artes, con especialización en Estudios Puertorriqueños. En agosto de 1989, se reestructuró la programación y se añadieron especialidades en Historia de Puerto Rico y del Caribe y en Literatura Puertorriqueña y del Caribe.
En enero de 2009, comenzó el grado de Maestría en Arqueología de Puerto Rico y el Caribe. En agosto de 2018, fue aprobada la especialidad de Relaciones Internacionales y Diplomacia como parte del Grado de Maestría en Artes. La Maestría en Artes en Historia del Arte y Cultura Visual del Caribe fue aprobada en enero de 2022.